Tópicos individuais que estão sendo desenvolvidos no laboratório:

• Nosso interesse em Oscheius tipulae está centrado em um aspecto da sua fisiologia: a reprodução ou, mais exatamente a vitelogênese. Até o momento nós caracterizamos as proteínas que compõem o vitelo dos ovos deste verme (v. Winter, Comp. Biochem. Physiol., 103B:189, 1992). Elas são bastante parecidas com as proteínas do vitelo de C. elegans, sendo compostas de pelo menos três polipeptídios (VT1, VT2 e VT3). As vitelinas VT2 e VT3 são produto da clivagem de um precursor codificado no gene Ot-vit- 6 (denominado OT-VIT-6). Este gene é homólogo ao gene Ce-vit-6 de C. elegans (Winter e cols., 1996). O promotor do gene apresenta os mesmos elementos já detectados nos genes codificam as vitelogeninas de C. elegans. A proteína codificada em CEW1- vit-6 apresenta uma taxa de substituição de aminoácidos, em relação aos genes homólogos de C. elegans, muito maior do lado C-terminal do que do lado N-terminal da molécula. Resultados obtidos por Cristiane Penha-Scarabotto indicam que o sítio de poliadenilação do mRNA transcrito de Ot-vit-6 se sobrepõe ao codon de terminação. A expressão de fragmentos de Ot-vit-6 em E. coli permitiram colocar VT2 do lado C-terminal de OT-VIT-6 (Penha-Scarabotto et al., resultados não publicados). Resultados de Joselene Pereira de Moura confirmaram esses dados mostrando, por uma abordagem semelhante, que VT3 se encontra do lado N-terminal. Moura mostrou também que a interação com o receptor da vitelogenina de O. tipulae ocorre pelo lado N-terminal de OT-VIT-6.  Uma revisão sobre esses resultados foi publicada por  Winter (2002). Atualmente dois projetos estão estendendo esses resultados com a caracterização de um segundo gene de vitelogenina que codifica o polipeptídeo VT1 , por Daniela Peres Almenara (estudante de doutorado). Estamos também caracterizando em C. elegans uma  protease  da família das subtilisinas  (Juliana  Andreoni Nico, estudante de doutorado) que provavelmente está envolvida no processamento da proteína precursora VIT-6.
• Nós também analisamos os genes que codificam os SL-RNAs de CEW1. Os resultados obtidos até o momento mostraram, como em C. elegans, a existência de genes para SL1-RNA. No entanto estes genes não estão agrupados num conjunto único, mas dispersos em diversos pontos do genoma do verme. A presença de genes para SL2- RNA foi detectada (PNAS, 94:9751, 1997) em CEW1 no Laboratório do Prof. Blumenthal com o qual mantemos uma colaboração para a análise do genoma de Oscheius sp. Esses resultados mostraram que, como acontece com C. elegans, CEW1 também possui operons. Este foi o segundo eucarioto no qual operons foram descritos.
• Foi feito um estudo sobre a estrutura e expressão dos genes que codificam a subunidade A do fator de alongamento 1 (eEF1A) da biossíntese de proteínas. Este foi o trabalho de tese do Dr Rubens Nobumoto Akamine, defendida em 2001. Os resultados obtidos (Akamine e Winter, em preparação) mostraram que O. tipulae possui possui pelo menos 4 genes que codificam essa abundante proteína citoplasmática. Esse número de genes é o dobro encontrado no genoma de C. elegans. Alguns introns são conservados entre esses quatro genes, mas nenhum deles correspondem aos introns descritos para os genes de C. elegans.
• Análise por cinética de reassociação do DNA genômico de O. tipulae, realizada pelo Dr Il-Young Ahn durante o seu doutorado, mostrou que o genoma da linhagem CEW1 tem aproximadamente o mesmo tamanho daquele de C. elegans (Ahn e Winter, Genome, no prelo). Apesar da quantidade de DNA repetitivo ser a mesma, a proporção da fração altamente repetitiva e medianamente repetitiva é diferente do que foi determinado para C. elegans. O mais interessante sobre o genoma de O. tipulae é que o conteúdo de GC é maior do que o de C. elegans (Ahn e Winter; J. Biochem. Biophys. Methods 63:155-160, 2005), o que pode ser observado também nas regiões subteloméricas e nos introns de genes já caracterizados na linhagem CEW1.
  
• Recentemente iniciamos uma nova linha de pesquisa no laboratório, em colaboração com a Dra. Cláudia Dolinski, da Universidade do Norte Fluminense (UENF), para caracterização de nematóides entomopatogênicos isolados do solo da Floresta Amazônica em Monte Negro (RO) no campus avançado do Instituto de Ciências Biomédicas da USP. Os resultados obtidos até o momento por Fernando Luiz Kamitani (aluno de mestrado) com duas linhagens isoladas pela Dra. Dolinski mostram que elas pertencem ao gênero Heterorhabditis. Ainda não determinamos se estes isolados pertencem ou não a mesma espécie. As bactérias simbiontes destes nematóides foram isoladas e por seqüenciamento de porções do gene donde é transcrito o rRNA SSU, mostrou-se que pertencem ao gênero Photorhabdus, como em outras espécies do gênero Heterorhabditis.
  
• Há alguns anos mantemos também uma colaboração com o Instituto Butantan. O Instituto Butantan tem tradicionalmente produzido soros antiofídicos utilizando veneno extraído de serpentes coletadas na natureza. Atualmente existe um esforço dentro do I. Butantan no sentido de criar essas serpentes em cativeiro. Nossa colaboração está relacionada com os aspectos bioquímicos da vitelogênese em Bothrops jararaca. Estudamos inicialmente as lipoproteínas plasmáticas de jararaca, serpente responsável pela maioria dos acidentes ofídicos no Brasil. Este projeto está sendo desenvolvido por de Thélia R. F. Janeiro-Cinquini funcionária do I.B. e estudante de mestrado em nosso laboratório. Os resultados preliminares (Janeiro-Cinquini et al., Comp. Biochem. Physiol., 112B:49-58, 1995) mostraram pela primeira vez, em serpentes do novo mundo, a presença de uma apolipoproteína B semelhante aquela existente em galinhas e mamíferos. Análise das vitelogeninas de Bothrops jararaca (Janeiro-Cinquini et al., Comp. Biochem. Physiol.,  122B:189-198, 1999) mostrou que nesta serpente esta lipoproteína é processada logo após sua secreção pelos hepatócitos, originando duas subunidades ricas em fosfato que formam a vitelogenina plasmática. Essas duas subunidades são processadas proteoliticamente quando da tomada pelos ovócitos em crescimento.