Leonardo Carmo de Andrade Lima

From Laboratório de Reparo de DNA

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Neste projeto, estudaremos a interação entre a sinalização em resposta a danos no DNA, mediado pelas quinases ATR e DNA-PK, com a via de reparo de DNA GGR-NER e o mecanismo de tolerância a lesões mediado pela polimerase η (codificada pelo gene XPV), através da busca de possíveis efeitos sinergísticos em resposta a agentes que geram lesões que distorcem a dupla-hélice no DNA, UVB e o quimioterápico cisplatina. Para isso, geraremos células com duplas-deficiências nos produtos dos genes XPV, XPC, ATR e DNA-PK, através de interferência por RNA (siRNA). Com essas células, realizaremos uma investigação sobre o efeito da depleção dessas proteínas na sensibilidade das células através da quantificação de lesões no DNA, da sobrevivência e morte celular. Além disso, pretendemos desenvolver uma metodologia para silenciamento de 16 genes envolvidos em reparo de DNA, em células deficientes em NER, empregando lentivírus recombinantes expressando shRNA direcionado a esses genes. Desta forma, pretendemos explorar e identificar interações entre NER e outras vias de reparo de DNA. Neste projeto, estudaremos a interação entre a sinalização em resposta a danos no DNA, mediado pelas quinases ATR e DNA-PK, com a via de reparo de DNA GGR-NER e o mecanismo de tolerância a lesões mediado pela polimerase η (codificada pelo gene XPV), através da busca de possíveis efeitos sinergísticos em resposta a agentes que geram lesões que distorcem a dupla-hélice no DNA, UVB e o quimioterápico cisplatina. Para isso, geraremos células com duplas-deficiências nos produtos dos genes XPV, XPC, ATR e DNA-PK, através de interferência por RNA (siRNA). Com essas células, realizaremos uma investigação sobre o efeito da depleção dessas proteínas na sensibilidade das células através da quantificação de lesões no DNA, da sobrevivência e morte celular. Além disso, pretendemos desenvolver uma metodologia para silenciamento de 16 genes envolvidos em reparo de DNA, em células deficientes em NER, empregando lentivírus recombinantes expressando shRNA direcionado a esses genes. Desta forma, pretendemos explorar e identificar interações entre NER e outras vias de reparo de DNA.
-==Apresentações em Congressos==+<center>[[Image:Leo_Lima2.jpg|450px|]]</center>
-1.Andrade-Lima, L. C. ; MENCK, C. F. M. . ATR and Polymerase eta interaction in response to UVB. 2011. (X Congresso da SBMCTA)+'''Legenda''': Resposta ao dano no DNA após luz UV: integrando ciclo celular com tolerância e reparo de DNA.
 +'''A)''' Fibroblasto normal de pele não irradiado tem progressão normal pelo ciclo celular. Ao centro, visualização do perfil de ciclo celular mostrando 2 picos, correspondendo a G1 (em maior número por ter tempo maior de duração) e G2.
 +'''B)''' Fibroblasto irradiado com luz UV tem ativação da quinase ATR e de p53, resultando em acúmulo de células em G1 (checkpoint G1).
 +'''C)''' Fibroblasto transformado (Ex. SV-40) não possui p53 ativo, dessa forma células irradiadas progridem com danos no DNA pelo ciclo celular através de síntese translesão, realizada principalmente por Pol eta. Como lesões persistem, ativação de ATR provocará acúmulo de células em G2, antes que células entrem em mitose ainda com danos (checkpoint G2/M).
 +'''D)''' Fibroblasto transformado (Ex. SV-40) que não possui p53 ativo e é deficiente em Pol eta (pacientes da síndrome Xeroderma Pigmentosun Variante) possui em bloqueio da replicação após irradiação com luz UV pela deficiência na síntese translesão. Dessa forma, ATR é ativado em fase S, provoca acúmulo de células nesta fase do ciclo (checkpoint intra-S) e resulta em maior morte celular, visualizado ao centro pelo aumento de células com conteúdo sub-G1 de DNA.
-2. Andrade-Lima, L. C. ; MENCK, C. F. M. . ATR DNA DAMAGE RESPONSE AFTER UVB IN POLIMERASE ETA DEFICIENT CELLS. 2011. (2011 Keystone Symposium on Genomic Instability and DNA Repair)+==Publicações==
 +1.'''Andrade-Lima, L. C.'''; Jogo da Resposta ao Dano no DNA. Revista Genética na Escola. Vol IX, artigo 6. 2014 (http://geneticanaescola.com.br/vol-ix1-artigo-06/)
-3.Andrade-Lima, L. C. ; ANDRADE, L. ; MENCK, C. F. M. . ATR ROLE AND TRANSLESION SYNTHESIS IN UVB IRRADIATED HUMAN CELLS. 2009. (IV MEETING IN FUNDAMENTAL ASPECTS OF DNA REPAIR AND MUTAGENESIS)+2. Veloso A, Biewen B, Paulsen MT, Berg N, '''Carmo de Andrade Lima L''', Prasad J, Bedi K, Magnuson B, Wilson TE, Ljungman M.; Genome-wide transcriptional effects of the anti-cancer agent camptothecin. PLoS One. 2013 Oct 23;8(10) (http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0078190)
-4.Andrade-Lima, L. C. ; ANDRADE, L. ; BESSA, K. M. L. ; MENCK, C. F. M. . Modulação da proteína ATR através de interferência por RNA em células deficientes em reparo de DNA. 2008. (Simpósio Internacional de Iniciação Científica da USP)+3.Kobayashi GS, Alvizi L, Sunaga DY, Francis-West P, Kuta A, Almada BV, Ferreira SG, '''de Andrade-Lima LC''', Bueno DF, Raposo-Amaral CE, Menck CF, Passos-Bueno MR.; Susceptibility to DNA damage as a molecular mechanism for non-syndromic cleft lip and palate. PLoS One. 2013 Jun 12;8(6) (http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0065677)
-5.Andrade-Lima, L. C. ; Lima-Bessa, K. M. ; MENCK, C. F. M. . Estudos da sensibilidade de células humanas, proficiente e deficientes em reparo e tolerância a lesões, induzidas por radiação ultravioleta B. 2007. (53o Congresso Brasileiro de Genética - Apresentação oral e Menção Honrosa)+4.Maria Berra C, de Oliveira CS, Machado Garcia CC, Reily Rocha CR, Koch Lerner L, '''de Andrade Lima LC''', da Silva Baptista M, Martins Menck CF.; Nucleotide excision repair activity on DNA damage induced by photoactivated methylene blue. Free Radic Biol Med. 2013 Apr 6;61C:343-356 (http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0891584913001317)
- +
-6.Andrade-Lima, L. C. ; Lima-Bessa, K. M. ; MENCK, C. F. M. . Sensibility of human skin fibroblast to UVB treatment. 2007. (III MEETING IN FUNDAMENTAL ASPECTS OF DNA REPAIR AND MUTAGENESIS)+

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Formado em Bacharelado em Ciências Biológicas pela Universidade de São Paulo e atualmente no programa de Doutorado Direto pelo Departamento de Microbiologia do ICB-USP. Desenvolvo um projeto, com apoio da FAPESP, intitulado: Interação entre vias de reparo de DNA e sinalização em resposta a danos através de silenciamento gênico.

Resumo do Projeto

A luz ultravioleta (UV) e alguns agentes químicos interagem e promovem grandes distorções na estrutura do DNA, o que compromete mecanismos vitais para a célula por promover um bloqueio físico das maquinarias de replicação do DNA e transcrição de RNA. Em resposta a estes agentes, células de mamíferos ativam uma complexa sinalização em resposta a danos na molécula de DNA que coordenam a progressão do ciclo celular, vias de reparo de DNA e indução de morte celular. Como estratégia, as células podem remover as lesões, através de vias de reparo de DNA, ou tolerá-las, através de polimerases específicas que transpõem as lesões. Como peça-chave em toda a sinalização estão quinases responsáveis por transduzir os sinais que coordenam a resposta celular a esse tipo de agravo. Porém, como estas quinases interagem com as vias de reparo e de tolerância a danos no DNA ainda não são totalmente conhecidas. Neste projeto, estudaremos a interação entre a sinalização em resposta a danos no DNA, mediado pelas quinases ATR e DNA-PK, com a via de reparo de DNA GGR-NER e o mecanismo de tolerância a lesões mediado pela polimerase η (codificada pelo gene XPV), através da busca de possíveis efeitos sinergísticos em resposta a agentes que geram lesões que distorcem a dupla-hélice no DNA, UVB e o quimioterápico cisplatina. Para isso, geraremos células com duplas-deficiências nos produtos dos genes XPV, XPC, ATR e DNA-PK, através de interferência por RNA (siRNA). Com essas células, realizaremos uma investigação sobre o efeito da depleção dessas proteínas na sensibilidade das células através da quantificação de lesões no DNA, da sobrevivência e morte celular. Além disso, pretendemos desenvolver uma metodologia para silenciamento de 16 genes envolvidos em reparo de DNA, em células deficientes em NER, empregando lentivírus recombinantes expressando shRNA direcionado a esses genes. Desta forma, pretendemos explorar e identificar interações entre NER e outras vias de reparo de DNA.

Legenda: Resposta ao dano no DNA após luz UV: integrando ciclo celular com tolerância e reparo de DNA. A) Fibroblasto normal de pele não irradiado tem progressão normal pelo ciclo celular. Ao centro, visualização do perfil de ciclo celular mostrando 2 picos, correspondendo a G1 (em maior número por ter tempo maior de duração) e G2. B) Fibroblasto irradiado com luz UV tem ativação da quinase ATR e de p53, resultando em acúmulo de células em G1 (checkpoint G1). C) Fibroblasto transformado (Ex. SV-40) não possui p53 ativo, dessa forma células irradiadas progridem com danos no DNA pelo ciclo celular através de síntese translesão, realizada principalmente por Pol eta. Como lesões persistem, ativação de ATR provocará acúmulo de células em G2, antes que células entrem em mitose ainda com danos (checkpoint G2/M). D) Fibroblasto transformado (Ex. SV-40) que não possui p53 ativo e é deficiente em Pol eta (pacientes da síndrome Xeroderma Pigmentosun Variante) possui em bloqueio da replicação após irradiação com luz UV pela deficiência na síntese translesão. Dessa forma, ATR é ativado em fase S, provoca acúmulo de células nesta fase do ciclo (checkpoint intra-S) e resulta em maior morte celular, visualizado ao centro pelo aumento de células com conteúdo sub-G1 de DNA.

Publicações

1.Andrade-Lima, L. C.; Jogo da Resposta ao Dano no DNA. Revista Genética na Escola. Vol IX, artigo 6. 2014 (http://geneticanaescola.com.br/vol-ix1-artigo-06/)

2. Veloso A, Biewen B, Paulsen MT, Berg N, Carmo de Andrade Lima L, Prasad J, Bedi K, Magnuson B, Wilson TE, Ljungman M.; Genome-wide transcriptional effects of the anti-cancer agent camptothecin. PLoS One. 2013 Oct 23;8(10) (http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0078190)

3.Kobayashi GS, Alvizi L, Sunaga DY, Francis-West P, Kuta A, Almada BV, Ferreira SG, de Andrade-Lima LC, Bueno DF, Raposo-Amaral CE, Menck CF, Passos-Bueno MR.; Susceptibility to DNA damage as a molecular mechanism for non-syndromic cleft lip and palate. PLoS One. 2013 Jun 12;8(6) (http://dx.plos.org/10.1371/journal.pone.0065677)

4.Maria Berra C, de Oliveira CS, Machado Garcia CC, Reily Rocha CR, Koch Lerner L, de Andrade Lima LC, da Silva Baptista M, Martins Menck CF.; Nucleotide excision repair activity on DNA damage induced by photoactivated methylene blue. Free Radic Biol Med. 2013 Apr 6;61C:343-356 (http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0891584913001317)

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