O Departamento

JOÃO MARCELO PEREIRA ALVES

JOÃO MARCELO PEREIRA ALVES
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Sala 21 (térreo)
Email jotajj@usp.br

Currículo Lattes

Laboratório de Genômica e Bioinformática em Parasitologia

Linha de Pesquisa

Filogenia e evolução de genes e genomas de protozoários e bactérias; Bioinformática.

Resumo

 O recente sequenciamento e análise de genomas e transcritomas levou ao descobrimento de inúmeros fenômenos biológicos, além da elucidação de diversas questões antes pendentes quanto a evolução, filogenia, biologia celular e molecular em muitos grupos de organismos. No entanto, a amostragem analisada até o momento é bastante difusa, dado o foco de pesquisas anteriores em organismos de importância econômica e, principalmente, médica, prejudicando as análises comparativas necessárias para a determinação do(s) modo(s) de evolução de muitas características de interesse. Nosso objetivo é estudar, utilizando métodos genômicos e transcritômicos comparativos, a estrutura e evolução de genomas de organismos unicelulares. O objeto principal de estudo são os parasitas da família Trypanosomatidae e outros Kinetoplastida, especialmente os não-parasitas, e outros Euglenozoa mais distantes, com o intuito de responder várias questões básicas quanto à biologia destes organismos. Algumas destas questões incluem: distribuição de introns em Euglenozoa; evolução do conteúdo gênico e sua relação com modo de vida (isto é: parasitário, comensal ou de vida livre); pressões seletivas nas diversas classes de genes; reconstrução do potencial metabólico e sua relação com características biológicas; relação entre o complemento gênico de hospedeiro e endossimbionte. O entendimento destes e de outros aspectos contribuirá grandemente para o conhecimento de mecanismos básicos de evolução de organismos e genomas em geral, e de parasitismo em particular, ajudando a entender o que faz um parasita e como melhor combatê-lo. Além disso, avaliamos e desenvolvemos as ferramentas e abordagens bioinformáticas necessárias para a obtenção de nossos objetivos de pesquisa.

Publicações

 1. Alves, J.M.P.* ; Klein, C.C.* ; da Silva, F.M. ; Costa-Martins, A.G. ; Serrano, M.G. ; Buck, G.A. ; Vasconcelos, A.T.R. ; Sagot, M.-F. ; Motta, M.C.M. ; Camargo, E.P. (2013) Endosymbiosis in trypanosomatids: the genomic cooperation between bacterium and host in the synthesis of essential amino acids is heavily influenced by multiple horizontal gene transfers. BMC Evolutionary Biology, v. 13, p. 190. PMID: 24015778
2. Alves, J.M.P. ; Serrano, M.G. ; da Silva, F.M. ; Voegtly, L. ; Matveyev, A.V. ; Teixeira, M.M.G. ; Camargo, E.P. ; Buck, G.A. (2013) Genome Evolution and Phylogenomic Analysis of Candidatus Kinetoplastibacterium, the Betaproteobacterial Endosymbionts of Strigomonas and Angomonas. Genome Biology and Evolution, v. 5, p. 338. PMID: 23345457

3. Klein, C.C.* ; Alves, J.M.P.* ; Serrano, M.G. ; Buck, G.A. ; Vasconcelos, A.T.R. ; Sagot, M.-F. ; Teixeira, M.M.G. ; Camargo, E.P. ; Motta, M.C.M. (2013) Biosynthesis of Vitamins and Cofactors in Bacterium-Harbouring Trypanosomatids Depends on the Symbiotic Association as Revealed by Genomic Analyses. PLoS One, v. 8, p. e79786. PMID:
24260300
4. Ridlon, J.M. ; Alves, J.M. ; Hylemon, P.B. ; Bajaj, J.S. (2013) Cirrhosis, bile acids and gut microbiota: Unraveling a complex relationship. Gut Microbes, v. 4, p. 1. PMID: 23851335
5. Alves, J.M.P. ; Voegtly, L. ; Matveyev, A.V. ; Lara, A.M. ; da Silva, F.M. ; Serrano, M.G. ; Buck, G.A. ; Teixeira, M.M.G. ; Camargo, E.P. (2011) Identification and Phylogenetic Analysis of Heme Synthesis Genes in Trypanosomatids and Their Bacterial Endosymbionts. PLoS One, v. 6, p. e23518. PMID: 21853145
6. Harwich, M.D. ; Alves, J.M. ; Buck, G.A. ; Strauss, J.F. ; Patterson, J.L. ; Oki, A.T. ; Girerd, P.H. ; Jefferson, K.K. (2010) Drawing the line between commensal and pathogenic Gardnerella vaginalis through genome analysis and virulence studies. BMC Genomics, v. 11, p. 375. PMID: 20540756
7. Xu, P.* ; Alves, J.M.P.* ; Kitten, T. ; Brown, A. ; Chen, Z. ; Ozaki, L.S. ; Manque, P. ; Ge, X. ; Serrano, M.G. ; Puiu, D. ; Hendricks, S. ; Wang, Y. ; Chaplin, M.D. ; Akan, D. ; Paik, S. ; Peterson, D.L. ; Macrina, F.L. ; Buck, G.A. (2007) Genome of the Opportunistic Pathogen Streptococcus sanguinis. Journal of Bacteriology, v. 189, p. 3166. PMID: 17277061
8. Alves, J.M.P. ; Buck, G.A. (2007) Automated System for Gene Annotation and Metabolic Pathway Reconstruction Using General Sequence Databases. Chemistry & Biodiversity, v. 4, p. 2593. PMID: 18027373
9. Xu, P. ; Widmer, G. ; Wang, Y. ; Ozaki, L.S. ; Alves, J.M. ; Serrano, M.G. ; Puiu, D. ; Manque, P. ; Akiyoshi, D. ; Mackey, A.J. ; Pearson, W.R. ; Dear, P.H. ; Bankier, A.T. ; Peterson, D.L. ; Abrahamsen, M.S. ; Kapur, V. ; Tzipori, S. ; Buck, G.A. (2004) The genome of Cryptosporidium hominis. Nature, v. 431, p. 1107. PMID: 15510150
10. Alves, J.M.P. ; Gusmão, C.X. ; Teixeira, M.M.G. ; Freitas, D. ; Foronda, A.S. ; Affonso, H.T. (2000) Random amplified polymorphic DNA profiles as a tool for the characterization of Brazilian keratitis isolates of the genus Acanthamoeba. Brazilian Journal of Medical and Biological Research, v. 33, n.1, p. 19. PMID: 10625870

Projetos/Financiamentos

Título: Genômica comparativa de Trypanosomatidae
Duração: 10/2013 a 09/2017
Agência financiadora: FAPESP
Processo número: 13/14622-3

Colaborações

Alan M. Durham, IME-USP;
Alejandro M. Katzin, Parasitologia, ICB-USP;
André Oliveira de Souza Lima, UNIVALI, SC;
Arthur Gruber, Parasitologia, ICB-USP;
Erney F. Plessmann de Camargo, Parasitologia, ICB-USP;
Gregory A. Buck, Virginia Commonwealth University, EUA;
Jason Ridlon, Virginia Commonwealth University, EUA;
Karin Kirchgatter, SUCEN e IMT-USP;
Marcelo Urbano Ferreira, Parasitologia, ICB-USP;
Maria Cristina Machado Motta, UFRJ, RJ;
Marta Maria Geraldes Teixeira, Parasitologia, ICB-USP.