AULA 10 - Análise de proteínas e proteômica

O salmão é cor-de-rosa, e algumas lagostas são azuis (mas ficam vermelhas quando fervidas), por causa de um cromóforo chamado astaxantina que se liga a uma proteína carregadora chamada crustacianina. Examine a sequência de aminoácidos da crustacianina da lagosta européia Homarus gammarus. Quais são algumas das suas propriedades físicas (e.g., massa molecular, ponto isoelétrico)? Ela possui algum domínio conhecido ou motivos que possam explicar como ou por que ela se liga ao cromóforo? Use os instrumentos no sítio do ExPASy. (Para mais informações sobre esta proteína, leia o artigo no ExPASy: https://web.expasy.org/spotlight/back_issues/026/).
Avalie a sintaxina (syntaxin) humana no sítio do ExPASy. Ela possui regiões “coil-coiled”? Quantos domínios transmembrana preditos ela possui? Qual é a sua função? Use primeiro o sistema ExPASy de recuperação de sequências.
Os receptores olfativos estão relacionados com a superfamília dos receptores tipo rodopsina acoplados a proteína G (GPCR). Qual porcentagem do proteoma do rato é formado por esses receptores? Qual porcentagem do proteoma humano é formado por esses receptores?

Algum dos 15 domínios proteicos mais comuns em E. coli K12 também está presente em humanos?

LINKS:

Programas	Comentário	URL
InterProScan 5 (SOAP)	No EBI	http://www.ebi.ac.uk/Tools/webservices/services/pfa/iprscan5_soap
PRATT	No EBI	http://www.ebi.ac.uk/pratt/
Instrumento ScanProsite	No ExPASY - Brasil - LNCC	http://br.expasy.org//tools/scanprosite/
SMART	No EMBL	http://smart.embl-heidelberg.de/

Programa	Fonte/Comentário	URL
COILS	Predição de regiões de coiled-coil em proteínas	http://www.ch.embnet.org/software/COILS_form.html
Compute pI/Mw	Do ExPASy - Brasil - LNCC	http://br.expasy.org/tools/pi_tool.html
drawhca	Plot de análise de cluster hidrofóbico	http://ww1.iucr.org/sincris-top/logiciel/prg-hca.html
Helical Wheel	Desenha uma roda helicoidal, i.e., uma projeção axial de uma alfa-hélice normal, para uma dada sequência	http://rzlab.ucr.edu/scripts/wheel/wheel.cgi
Paircoil2	Predição de regiões coiled-coil em proteínas	http://paircoil2.csail.mit.edu/
PeptideMass	Do ExPASy	http://web.expasy.org/peptide_mass/
SAPS	Análise estatística de proteínas	http://www.ebi.ac.uk/Tools/seqstats/saps/

Programa	Comentário/Recurso	URL
DictyOGlyc 1.1	Predições por rede neural de sítios de O-glicosilação em proteínas de Dictyostelium discoideum	http://www.cbs.dtu.dk/services/DictyOGlyc/
NetOGlyc	Predição de sítios de O-glicosilação em proteínas de mamíferos	http://www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/
YinOyang 1.2	Predição por rede neural de sítios de ligação de O-b-GlcNAc em sequências de proteína de eucariotos	http://www.cbs.dtu.dk/services/YinOYang/

Programa	Comentário	URL
GPI-SOM	Identificação de sinais para âncora de GPI por um mapa Kohonen de auto-organização	http://gpi.unibe.ch/
NetPhos 2.0	Produz predições por rede neural para fosforilação de serina, treonina e tirosina em proteínas de eucariotos	http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/
Sulfinator	Predição de sítios de sulfatação - ExPASY	http://web.expasy.org/sulfinator/

Programa	Comentário	URL
ChloroP	Prediz presença de peptídeos de trânsito para o cloroplasto (cTP) em sequências de aminoácidos	http://www.cbs.dtu.dk/services/ChloroP/
PSORT	Predição de sinais de distribuição e localização de proteínas	http://psort.hgc.jp/
SignalP	Prediz a presença e localização de sítios de clivagem de peptídeo sinal em procariotos e eucariotos	http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
TargetP	Prediz a localização subcelular de sequências de proteínas eucarióticas	http://www.cbs.dtu.dk/services/TargetP/

Programa	Comentário/Recurso	URL
Servidor DAS	Transmembrane Prediction	http://www.sbc.su.se/~miklos/DAS/
HMMTOP	Predição de hélices transmembrana e topologia de proteínas	http://www.enzim.hu/hmmtop/
PredictProtein	Predição de localização e topologia de hélices transmembranas	http://www.predictprotein.org/
SOSUI	Classificação e predição de estrutura secundária de proteínas de membrana	http://bp.nuap.nagoya-u.ac.jp/sosui/
Tmpred	Prediction of Transmembrane Regions and Orientation	http://www.ch.embnet.org/software/TMPRED_form.html
TMHMM (v.2.0)	Centro de Análise de sequências Biológicas, Universidade Técnica da Dinamarca	http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM-2.0/
TopPred2	Predição de topologia de proteínas de membrana	http://www.sbc.su.se/~erikw/toppred2/

Banco de dados	Comentário	URL
DIP (The database of Interacting Proteins)	Database of Interacting Proteins	http://dip.doe-mbi.ucla.edu/
FlyBase	A Database of Drosophila Genes & Genomes	http://flybase.org
KEGG	Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes	http://www.genome.ad.jp/kegg
STKE	Signal Transduction Knowledge environment	http://stke.sciencemag.org/